颗粒硼肥的间接作用可能与花蜜中糖含量进步以及其组成的改变有关，使虫媒植物的花对昆虫更有吸引力。硼的直接作用与花药的花粉发作才能以及花粉粒生活力有密切关系。硼能影响花粉萌生，特别是花粉管伸长。硼能促进作物生殖器官的正常发育，有利于开花健壮。施用硼肥妥当，能够加快花器官的发育，添加花粉数量，促进花粉粒的萌生和花粉管的成长。陈家驹等人研讨了油菜缺硼而引起的‘花而不实’的原因，成果证明，缺硼且能正常开花，但不能正常健壮的油菜男女配子体发育完善，子房结构也完好，但因为缺硼柱头失掉了附着花粉的才能，花药壁被损坏而失掉弹散才能，花粉粘结成块而发育率低、因此构成油菜只能开花而不能健壮。这一成果有力的证明了颗粒硼肥对生殖器官成长的重要性。在农业生产中，油菜出现“花而不实”症状外，麦类的“不捻症”、棉花的“蕾而不花”、花生的“果而不仁”及果树的落花落果等，也都是因为缺硼所造成的。

硼能促进豆科作物根中维管束的正常发育，促进根瘤菌得到碳水化合物的充足供给，然后增强了豆科作物的固氮才能，进步蛋白质的含量，添加麻类作物的纤维含量，并改进它的质量。

硼能在作物体内与6-磷酸葡萄糖酸构成络合物，使4-磷酸赤糖酸不能构成（是酸类化合物构成的重要质料），而作物缺硼时，有机酸在根中堆集，根尖分生组织的细胞分解和伸长遭到按捺，发作木栓化，引起根部坏死。硼素能使作物的根尖和茎成长点等分生组织正常成长。颗粒硼肥与醇类、糖类以及其他化合物能构成过氧化物，然后改进作物根部氧气的供给。特别是在缺氧的情况下，施用硼肥能够促进作物根系发育。所以，块根、块茎作物如甜菜、马铃薯、萝卜等，施用硼肥作用较好。